Para el siguiente curso utilicé el curso de Evelia Coss como base, lo puedes consultar aquí https://github.com/EveliaCoss/RNAseq_classFEB2023/tree/main/Rmarkdown
This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.
Los informes de los análisis de datos deberían ser reproducibles. Si se encuentra algún error o si agrega nueva información, es posible volver a compilar el informe y obtener los resultados. Para este fin la herramienta clave en R es knirt que permite crear un documento con texto y fragmentos de código intercalados. A esta idea se le ha llamado “programación literaria”.
“A reproducible workflow” by Ignasi Bartomeus and Francisco Rodríguez-Sánchez https://youtu.be/s3JldKoA0zw.
Los titulos se dividen por el simbolo #, de la siguiente
manera:
Utilizando * es posible resaltar el texto con itálicas,
negritas o ambas
italica negritas italica + negritas
Los reportes hechos en Rmarkdown pueden exportarse como PDF, html y word.
x= 'hello, world!'
x
## [1] "hello, world!"
x=$(echo 'hello, world!')
echo $x
## hello, world!
Hay varias opciones que afectan la forma en que los fragmentos de código se muestrean en el archivo de salida
También se pueden agregar gráficos
plot(pressure)
Note that the echo = FALSE parameter was added to the
code chunk to prevent printing of the R code that generated the
plot.
Vamos a guardar este gráfico en nuestra computadora para utilizarlo más adelante.
png(file="./pressure.png", width=15, height=10, units="in", res=1200)
plot(pressure, # dataframe
type="b", # Tipo de grafico
cex=2, # Tamano de los puntos
pch = 0, # Forma del punto, valor de 0 a 25, el cero es un cuadrado
main="", # titulo
xlab="Temperature", ylab="Pressure", # titulo en X y en Y
col="blue") # color de las lineas y puntos
dev.off()
Podemos utilizar la función head() para ver la
información contenida en el dataframe pressure:
head(pressure)
## temperature pressure
## 1 0 0.0002
## 2 20 0.0012
## 3 40 0.0060
## 4 60 0.0300
## 5 80 0.0900
## 6 100 0.2700
Este dataframe contiene dos columnas: temperature y
pressure.
Para ver la estadística descriptiva de esta base de datos podemos
usar summary:
summary(pressure)
## temperature pressure
## Min. : 0 Min. : 0.0002
## 1st Qu.: 90 1st Qu.: 0.1800
## Median :180 Median : 8.8000
## Mean :180 Mean :124.3367
## 3rd Qu.:270 3rd Qu.:126.5000
## Max. :360 Max. :806.0000
| Num | Header | Header2 | Header3 |
|---|---|---|---|
| 1 | first | 1st | One |
| 2 | second | 2nd | Two |
| 3 | third | 3rd | Three |
Podemos anexar imagenes a nuestros archivos tomando figuras de internet como el siguiente ejemplo.
Ademas, podemos anexar archivos contenidos en nuestra computadora, vamos a cargar la imagen que guardamos hace un momento:
knitr::include_graphics("pressure.png")
Podemos marcar dentro del texto las partes que corresponden a una operacion matematica utilizando la comilla invertida
La suma de 4 mas 5 es 9.
La division de 4 entre 5 es 0.8.
La multiplicacion de 4 por 5 es 20.
¿Cuánto es 4^5? 1024
Redondear valores, 9.44 se redondea a 9.4
Agregar una ecuacion \[y = \mu + \sum_{i=1}^p \beta_i x_i + \epsilon\]
Agregar subindices CO2, alternativamente con
html CO2
Agregar superindices E=MC2 o \(E=MC^2\), alternativamente con
html E=MC2
Para dar color a tus reportes puede agregar notas en los mismos dependiendo del contenido de la informacion:
Blue boxes (alert-info)Example: Use yellow boxes for examples that are not inside code cells, or use for mathematical formulas if needed. Typically also used to display warning messages.
Success: This alert box indicates a successful or positive action.
Danger: This alert box indicates a dangerous or potentially negative action.
title: “Título”
author: “autor”
date: “fecha”
output: - html_document:
toc: yes
toc_float: yes
toc_depth: 6
theme: cerulean
toc es para indicar que vas a agregar un indice en el
reporte.toc_float es para indicar si el indice va a ser
flotante o no, si indicas yes el indice se localizara a la
izquiera de la pantalla y la informacion se desplegara cuando se
coloques sobre ella.toc_depth es para indicar el numero de subtitulos que
puedes tener en el archivo.theme es la decoracion del archivo.